Szczepionki można podzielić według zróżnicowanych kryteriów. Jednym z nich jest rodzaj drobnoustroju zawartego w szczepionce. Na tej podstawie dzielimy je na szczepionki bakteryjne, wirusowe oraz mieszane. Różna jest także swoistość szczepionek. Jeżeli działają one na konkretny rodzaj drobnoustroju, wówczas są to szczepionki swoiste. Z kolei szczepionki nieswoiste działają na wiele drobnoustrojów.
Cechą charakterystyczną szczepionek monowalentnych jest to, że zawierają jeden rodzaj drobnoustrojów. Wówczas uodpornienie następuje w przypadku jednej chorobie zakaźnej. Niekiedy dany drobnoustrój dzieli się na kilka typów. W szczepionce monowalentnej może znaleźć się tylko jeden typ patogenu. Z kolei szczepionki poliwalentne mogą zawierać kilka lub nawet wszystkie typy danego patogenu. W zależności od tego szczepionki określane są nazwą biwalentnych (2 typy drobnoustrojów), triwalentnych (3 rodzaje) bądź tetrawalentnych (4 typy drobnoustroju).
Produkowane są również szczepionki skojarzone. Charakteryzują się one tym, że składają się ze zróżnicowanych drobnoustrojów. Mogą one uodparniać nawet na kilka chorób zakaźnych. Obecnie jedną z najbardziej popularnych szczepionek skojarzonych jest szczepionka przeciw błonicy, tężcowi i krztuścowi. Skuteczność tego typu szczepionek jest bardzo wysoka, dlatego są one dość często stosowane. Dodatkową zaletą szczepionek skojarzonych jest to, że dzięki nim zmniejsza się ilość wstrzyknięć, co jest bardzo istotne w przypadku dziecka.
