Wprowadzenie szczepionki do organizmu powoduje powstanie określonych reakcji układu odpornościowego. Każda szczepionka powoduje powstanie pamięci immunologicznej, na którą składają się limfocyty T i B. Dzięki temu w wyniku wykrycia obecności szkodliwych drobnoustrojów, dochodzi do interakcji między limfocytami a antygenami patogenów. Powstała w ten sposób odporność niejednokrotnie jest długotrwała, czyli istnieje przez całe życie. W niektórych przypadkach, należy jednak stosować dawki przypominające.
W organizmie wytwarzane są dwa rodzaje limfocytów T, które składają się na pamięć immunologiczną. Pierwsze z nich umiejscowione są w węzłach chłonnych. Drugi typ bytuje głównie w tkankach obwodowych. Wywołanie określonego sposobu odpowiedzi na skutek wprowadzenia szczepionki, zależy m.in. od sposobu jej podawania. Z tego powodu, część szczepionek podaje się w sposób domięśniowy, niektóre doustnie lub śródskórnie.
Szczepionki mogą być swoiste, czyli zapobiegać rozwojowi konkretnej choroby bądź nieswoiste, czyli wpływające na wzrost odporności całego organizmu.
